La AS Roma, verdugo amarillo en la UEFA Europa League 16-17
El Villarreal superó la Fase de Grupos de la UEFA Europa League como segundo clasificado del grupo L. No fue una clasificación fácil. De hecho, los amarillos certificaron su pase a la siguiente ronda en el último partido contra el Steaua de Bucarest en El Madrigal (2-1).
El equipo de Fran Escribá empezó la competición con una ajustada victoria ante el FC Zürich (2-1), pero el camino comenzó a torcerse en la jornada 2 con un empate en Rumanía ante el Steaua de Bucarest (1-1), otra igualada en Turquía ante el Osmanlispor (2-2), una inesperada derrota ante los otomanos en casa (1-2) y otro empate en Suiza ante el FC Zürich (1-1).
A pesar de estos golpes, el Submarino se rehízo y logró el pase con la citada victoria ante el Steaua de Bucarest (2-1) ante su afición con golazo de vaselina de Manu Trigueros incluido.
El hecho de ser segundo de grupo complicó el sorteo de dieciseisavos de final para los amarillos. Finalmente, el rival del Submarino fue la AS Roma, un potente equipo que estaba luchando por el título en la Serie A. El partido de ida, disputado en el Estadio de la Cerámica, fue definitivo (0-4). El Villarreal viajó a Roma en busca de la heroicidad, pero no llegó la remontada. Eso sí, los amarillos se llevaron un triunfo de prestigio del Olímpico de Roma gracias a un solitario gol del colombiano Santos Borré (0-1).